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山階（やましな）鳥類研究所では、現在とくに、絶滅危惧種のアホウドリやヤンバルクイナなど、希少種の保護に役立つ研究を行っています。また、足環などによって、渡り鳥の渡りの経路や、野鳥の寿命を知ることのできる「鳥類標識調査」（バンディング）や鳥インフルエンザに関わる調査も環境省の委託で行っています。山階鳥研が誇る鳥類学に関する図書や鳥類標本は、鳥類の研究に欠かせない基礎資料であり、なかには地球上からいなくなってしまった絶滅鳥の標本や19世紀の博物学書などの貴重なものもあります。昭和61（1986）年、総裁に礼宮殿下（現秋篠宮皇嗣殿下）をお迎えし、研究員として平成17（2005）年6月まで13年間、紀宮清子内親王殿下がお勤めになりました。
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